L’historique de la Protection nationale et celui du Haut-Commissariat de la Protection nationale (HCPN) sont étroitement liés.
Ainsi, à l'instar du HCPN, la Protection nationale au Luxembourg trouve son origine dans l'arrêté grand-ducal du 31 décembre 1959 concernant l'organisation générale de la Protection nationale, pris sur base de la loi du 22 août 1936 autorisant le gouvernement à prendre des mesures propres à protéger la population contre les dangers dus aux attaques aériennes. L'arrêté grand-ducal précité fut abrogé et remplacé par le règlement grand-ducal du 25 octobre 1963 qui constituait la base réglementaire pour la Protection nationale jusqu'à l'entrée en vigueur de la loi du 23 juillet 2016 portant création d'un Haut-Commissariat à la Protection nationale.
La structure instaurée à l'époque prévoyait:
- un Comité ministériel de la protection nationale (CMPN) à l'échelon du gouvernement et présidé par le Premier ministre, qui fixait la politique générale ainsi que les mesures particulières que devaient prendre les administrations civiles et militaires. Chaque ministre, membre du comité, était responsable de la préparation et de l'exécution des mesures de Protection nationale pour autant qu'elles concernaient son ministère;
- un Conseil supérieur de la protection nationale (CSPN) comprenant un délégué de chaque membre du Comité pour assister le président du comité;
- un Haut-Commissariat de la protection nationale organisé auprès du ministère d'État pour assurer la coordination continue et l'exécution de la Protection nationale.
Afin de mettre au point des plans sectoriels détaillés, des comités mixtes civilo-militaires furent créés. Ainsi furent notamment mis sur pied les comités suivants:
- par règlement grand-ducal du 3 avril 1963, la commission mixte des alertes;
- par règlement ministériel du 3 avril 1963 concernant la création d'un comité mixte de protection sanitaire, modifié par le règlement ministériel du 20 octobre 1969;
- par règlement ministériel du 20 novembre 1964, le comité mixte des transports;
- par règlement grand-ducal du 18 avril 1969, le comité mixte des télécommunications;
- par règlement grand-ducal du 2 mars 1970, le comité mixte de protection du territoire.
Le 12 novembre 1993, ces menaces semblant disparaître, les organes de la Protection nationale furent mis en veilleuse par décision du Conseil de gouvernement.
Suite aux attaques terroristes du 11 septembre 2001 aux États-Unis d'Amérique, le Comité permanent de sécurité (CPS) qui avait été créé par arrêté ministériel du 27 janvier 1975 fut réactivé afin de prendre les mesures de protection qui s'imposaient, sous la présidence du ministre de la Justice, assisté par le ministre de l'Intérieur. Les discussions menées au CPS ont porté sur ses structures, ses procédures de mise en alerte et de montée en puissance, sa façon d'instaurer et de gérer des mesures de prévention et de protection, ainsi que sur sa manière de mener une opération de réaction à une attaque terroriste, de quelque nature qu'elle soit.
Dans sa séance du 21 décembre 2001, le Conseil de gouvernement décida de réactiver les organes de la Protection nationale, y compris le HCPN.
En 2001, deux comités nationaux, à savoir le Comité national de sûreté de l'aviation civile (CONATSAC) et le Comité national des télécommunications (CONATEL) ont été institués afin de renforcer la politique de sûreté dans les domaines spécifiques en question.
En date du 14 mars 2003, le Conseil de gouvernement, soucieux de ne pas alourdir la structure de la Protection nationale, a décidé d'intégrer le Comité permanent de sécurité dans le Comité ministériel de la protection nationale prévu dans le règlement grand-ducal du 25 octobre 1963 précité.
Depuis juillet 2003, le gouvernement a régulièrement eu, dans le contexte de la gestion respectivement de la prévention de différentes crises, recours à la structure de la Protection nationale, en particulier au moment de l'élaboration du plan dit "Nombreuses victimes", de la révision du plan d'intervention d'urgence en cas d'incident ou d'accident nucléaire, de l'élaboration d'un plan d'intervention d'urgence "Cyber", de la gestion des conséquences de la grippe aviaire et de la grippe A (H1N1), de la gestion des conséquences concernant plusieurs actes de piraterie commis sur des navires naviguant sous pavillon luxembourgeois, de l'analyse de la menace en matière de terrorisme, ainsi que de la mise en place d'un Centre national de crise.